سیستم های تهویه مطبوع به استفاده از فیلترها نیاز دارند تا اطمینان حاصل شود که هوا تمیز و عاری از ذرات مضر است.انواع مختلفی از فیلترها وجود دارد، از جمله فیلترهای مکانیکی، فیلترهای الکترواستاتیک و فیلترهای هپا.فیلترهای مکانیکی از یک مانع فیزیکی برای جذب ذرات استفاده می کنند، در حالی که فیلترهای الکترواستاتیک ذرات را از طریق بار الکترواستاتیک جذب و نگه می دارند.فیلترهای HEPA کارآمدترین هستند و می توانند ذرات کوچکی به اندازه 0.3 میکرون را جذب کنند.

سطح تمیزی یک سیستم تهویه مطبوع به میزان هوای تمیزی که به یک فضا منتقل می شود اشاره دارد.با تغییرات هوا در ساعت (ACH) اندازه گیری می شود که تعداد دفعاتی است که هوا در یک فضا به طور کامل در هر ساعت جایگزین می شود.ACH توصیه شده برای فضاهای تجاری حدود 4-6 است، در حالی که ACH برای بیمارستان ها و آزمایشگاه ها می تواند به 12-15 برسد.

هنگام طراحی یک سیستم تهویه مطبوع، مهم است که عواملی مانند اندازه فضا، نوع اشغال و میزان آلودگی هوا مورد انتظار در نظر گرفته شود.طراحی مناسب کانال کشی و قرار دادن رجیسترهای هوا نیز ملاحظات مهمی است.این سیستم باید به گونه ای طراحی شود که توزیع یکنواخت هوا در کل فضا را فراهم کند و از تجمع هوای راکد جلوگیری کند.