صنایع زیادی وجود دارد که فیلترهای HEPA اتاق تمیز نقش مهمی در تضمین خلوص هوا و از بین بردن آلودگی احتمالی دارند.اتاق‌های تمیز صنعتی در صنایع پزشکی، دارویی، مواد غذایی و آشامیدنی و صنایع نیمه‌رسانا، از جمله برای محافظت از محصولات و فرآیندهای حساس در برابر عفونت‌های موجود در هوا، ذرات میکروسکوپی و سایر آلاینده‌ها استفاده می‌شوند.

در بیمارستان ها از فیلترهای HEPA اتاق تمیز برای ایجاد اتاق های عمل استریل و ایمن استفاده می شود.در صنایع دارویی و غذایی و آشامیدنی از این فیلترها برای حفظ محیطی خالص و عاری از آلودگی میکروبی و شیمیایی استفاده می شود.در صنعت نیمه هادی، این فیلترها به کاهش گرد و غبار و سایر ذرات کمک می کنند تا هرگونه پتانسیل آلودگی در خط تولید را از بین ببرند.